Trường THCS Phú Long được tách ra từ trường PTCS cấp 1 – 2 Phú Long theo quyết định số 2200/QĐ-TC ngày 27/9/1991 của Sở Giáo dục Đồng Tháp, được đặt gần UBND xã, ngày đầu thành lập trường chỉ có 04 phòng học, gồm 7 lớp (có cả lớp 9) với 248 học sinh và 12 giáo viên. Đến năm học 1993 – 1994 được di dời ra điểm mới cho đến hôm nay, do địa điểm nằm ở ngã ba giáp ranh với xã Tân Nhuận Đông nên ngay năm đầu qui mô nhà trường phát triển nhanh, cụ thể có 12 lớp với 474 học sinh, 25 cán bộ giáo viên, nhân viên, trên 90%  giáo viên ở địa phương khác cùng 7 phòng học. Lúc bấy giờ điều kiện kinh tế – xã hội ở địa phương gặp rất nhiều khó khăn, không có cầu cho học sinh ở xã Tân Nhuận Đông sang học mà phải đi bằng xuồng, đò, tất cả các con đường đều là đường đất, hầu hết là cầu khỉ, xe 2 bánh không lưu thông được, tuy nhiên sự nghiệp giáo dục nói chung và nhà trường nói riêng ngày vẫn phát triển tốt, qui mô nhà trường ngày càng phát triển mạnh, do học sinh phát triển nhanh nên ngay năm học thứ 2 1994 – 1995 phải xây thêm 03 phòng rồi năm 1996 phải xây tiếp 03 phòng nữa mới nhận hết học sinh. Đến năm 2004 xây tiếp 10 phòng ( 05 trệt, 05 lầu), cao điểm là năm học 2005 – 2006 có đến 28 lớp với 1086 học sinh, sau đó dần bão hòa 23, 24 lớp với trên dưới 900 học sinh mỗi năm học cho đến ngày hôm nay.